Bešić mendakwa dalam satu wawancara bahawa dia menolak tawaran beraksi untuk pasukan belia Jerman, kerana dia hanya mahu bermain untuk Bosnia and Herzegovina.[11] Dia membuat penampilan sulungnya untuk pasukan bawah-21 Bosnia dan Herzegovina pada bulan September 2010 ketika menentang Itali.[12] Pada 5 November 2010, dia dipanggil ke pasukan senior oleh Safet Sušić untuk perlawanan persahabatan pada 17 November 2010 menentang Slovakia.[13][14] Dia membuat penampilan sulungnya dalam perlawanan itu, menjadikannya pemain termuda dalam sejarah bermain untuk Bosnia dan Herzegovina. Rekod itu sebelum ini dipegang oleh Miralem Pjanić. Bešić dipilih ke dalam pasukan kebangsaan Bosnia dan Herzegovina untuk Piala Dunia FIFA 2014, bermain dalam ketiga-tiga perlawanan peringkat kumpulan menentang Argentina, Iran dan Nigeria dan Bosnia tersingkir.[15]